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1992年,晋江撤县建市,中国共产主义青年团晋江县委员会更名为中国共产主义青年团晋江市委员会。
1988年至1992年,团县委内设办公室、组织部、宣传部、学少部,并设有负责县青联组织工作的秘书处,由团县委副书记兼任县青联主席。1992年11月起,团市委内设四部一室:办公室、组织部、宣传部、统战部、学少部。市直团委负责人由宣传部负责人兼任,市青联秘书处在统战部,2002年成立市青年志愿者协会,秘书处在宣传部。